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Le «Prix Otto Naegeli» fut crée en l’honneur et au souvenir du grand scientifique et enseignant de médecine interne à l’Université de Zürich, le Professeur Otto Naegeli.

Jusqu’en 1984, le prix d’un montant de CHF 100'000 était décerné annuellement par la Fondation Otto Naegeli. Dès 1986 la Fondation Bonizzi-Theler continuait à décerner le prix.

Dès 1988 le prix fut remis seulement tous les deux ans, mais avec une somme de CHF 200'000. Lors de la dissolution de la Fondation Bonizzi-Theler, une partie du capital fût attribuée à une nouvelle Fondation Otto Naegeli, permettant l’attribution du prix pendant encore 20 ans.