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Der «Otto Naegeli-Preis» wurde 1960 zum Andenken an den 1938 verstorbenen grossen Wissenschaftler und Lehrer für Innere Medizin an der Universität Zürich, Professor Otto Naegeli, geschaffen.

Bis 1984 wurde der Preis jährlich mit einer Preis-summe von CHF 100'000 von der Otto Naegeli Stiftung verliehen. Ab 1986 führte die Bonizzi-Theler Stiftung den Preis weiter. Ab 1988 erfolgte die Preisverleihung alle 2 Jahre, jedoch mit einer Preissumme von CHF 200'000. Mit Auflösung der Bonizzi-Theler Stiftung widmete diese Stiftung im Jahre 2008 einen Teil ihres Vermögens einer neuen Otto Naegeli Stiftung und stellte damit die Verleihung dieses Preises für weitere 20 Jahre sicher.