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Otto Naegeli wurde 1871 im Kanton Thurgau (Ermatingen) geboren. Er schloss das Medizinstudium 1896 in Zürich ab, habilitierte 1899 in Zürich, arbeitete bis 1912 in eigener Praxis, war dann bis 1918 ausserordentlicher Professor in Tübingen und folgte 1918 einem Ruf als Leiter der Medizinischen Poliklinik in Zürich, wo er ab 1921 auch das Ordinariat und die Direktion der Medizinischen Klinik bis zu seinem Rücktritt im Jahre 1937 inne hatte. Er verstarb am 11. März 1938.

Seine wissenschaftlichen Arbeiten sind breit gefächert und beziehen sich u.a. auf Studien auf dem Gebiete der Tuberkulose, der Hämatologie, der Unfallneurosen und der Differentialdiagnose.